Die seit dem Jahre 1660 in Linz wirkenden Kapuziner erhielten 1680 - in Zeiten als die Pest der Bevölkerung viel abverlangte - die kaiserliche Bewilligung in Urfahr ein Hospiz zu errichten. Bereits ein paar Jahre später planten die Patres aus dem Linzer Konvent dieses Hospiz in ein Kloster umzuwandeln.
1694 wurde der Klosterbau fertiggestellt und die Kirche 1702 mit dem Patrozinium des Hl. Josef feierlich eingeweiht. Die revolutionären Maßnahmen Kaiser Joseph II. hatten die Folge, das Kapuzinerkloster in Urfahr aufzulassen.
1784 wurde bestimmt, die neu zu gründende Pfarre Urfahr beim ehemaligen Kloster zu errichten. Die Klosterkirche war nun Pfarrkirche, das Kloster Pfarrhof und Schule, der Klostergarten wurde teilweise zum Friedhof umgestaltet.
Die Bausubstanz wurde nur geringfügig verändert. Der Dachreiter über dem Chor wurde entfernt und 1791 nach einem Entwurf von Franz Xaver Martinelli der charakteristische Fassadenturm erbaut.
Der Turmhelm wurde nach einem Brand 1833 neu errichtet.
Somit erhielt, die für die Kapuziner typische, schlichte Barockkirche einen klassizistischen Fassadenturm, der noch heute das Urfahrer Stadtbild an der Donau entscheidend prägt.
